![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
andresolПожалуй, я перестану скрупулезно подсчитывать, сколько реакций я поставил и сколько колонок сделал. В конце концов, у меня останется полная копия моего лабораторного журнала, благо тот электронный. Когда статьи будут опубликованы, все, кому интересно, прочитают, над чем же я так трудился.
Одолжил Владимиру пластинки из хлорида натрия и показал ему еще раз как пользоваться ИК-спектрометром. Тот стоит в Eberly Hall, в той же комнате, куда приносят образцы для масс-спектрометрического анализа. Я, раз все равно туда шел, оставил одно вещество на HRMS. В последнее время прибор заработал: я забрал готовые спектры – один мой и три для Эверетта.
Одна из самых рутинных операций в лабе – объединение фракций после колонки. Те, что чистые по ТСХ, сливаются в одну колбу, после чего растворитель упаривается на роторе. Некоторые (Жульен) предпочитают вначале собрать все в большую колбу (250-500 мл), сконцентрировать, а потом перенести в удобную маленькую колбочку. Я же, если количество фракций не превышает пятнадцати (одна фракция не более 10 мл), предпочитаю сразу начинать с колбы на 25-50 мл, отгоняя фракции по 2-3 за раз. Беготни, конечно, больше, зато я могу быть уверенным, что вещество не останется размазанным в большой колбе и, что важнее, мне не надо будет ту колбу мыть.
До постоянной массы колба с веществом доводится сушкой в вакууме масляного насоса. Так как у меня из растворителей обычно гексан-этилацетат (реже дихлорометан или диэтиловый эфир), то самое главное – полностью избавиться от этилацетата. Его остаточные сигналы в протоннике в CDCl3 (квартет 4.10, синглет 2.07 и триплет 1.25) я давно выучил наизусть. Если вещество твердое, то за час все всегда высушивается, если жидкость, масло или сопля, то растворитель может засесть глубоко – за ночь не высушишь. Есть свои хитрости, как его убрать в таких случаях. Самое простое растворить все в дихлорметане и опять отогнать. После пары таких операций этилацетат улетит, а дихлорметан, если и останется, то один левый синглет лучше, чем три сигнала.
Золотое правило – взвешивать пустые колбы до добавления фракций. Как иначе потом узнаешь, сколько белого порошка получилось, и посчитаешь выход. Можно, конечно, вещество перенести, колбу вымыть, высушить и взвесить, но проще знать вес заранее. Была у меня привычка записывать массу колб на шлифе карадашом, но карандаш имеет тенденцию стираться и иногда не хочется вносить в вещество графит. Затем я стал маркером писать массу колб на стекле тяги. Заодно было удобно вычитать в столбик эту массу из массы с полученным веществом. Постепенно место на стекле кончалось, я смывал старые надписи водой и ацетоном, но потом мне это надоело, и для записи масс я завел отдельную тетрадь.
Все равно время от времени из-за спешки и путаницы я забывал взвесить колбы заранее. Приходилось их мыть, сушить, запоминать и взвешивать постфактум. А так как колб у меня не так уж много, и я их использую многократно, то в какой-то момент пришло логичное решение взвесить все колбы и узнать их вес раз и навсегда. Так был создан файл My flask.wps. Так как веществ получаю я до 100 мг, то обычно массы достаточно для однозначной идентификации колбы: если брутто на 50 мг больше известного «пустого» веса, то эта колба и есть. Но для большей уверенности я собрал все признаки колб в таблицу: размер (25 или 50), форма (sphere or bulb), цвет надписи (красный, белый или стершийся), сама надпись (вроде 14/20 KIMAX USA 25 ml NO. 25276).
В настоящее время файл включает описание 31 колбы. И все они очень разные. Ни одной я не покупал в Stockroom’е, все достались мне от прежних хозяев или вообще были найдены безхозными. Я все равно продолжаю взвешивать колбы каждый раз. Это не только дает мне проверку флуктуации весов (обычно до 1 мг), но и собирает статистику о том, сколько и какую колбу я использовал. Вообще, по моей тетради можно восстановить и то, какие фракции какого эксперимента в какой колбе упаривались. Дальнейшее развитие такой шизофрении должно привести к тому, что я присвою колбам имена собственные и буду справлять их именины.
На этой неделе я пришел в лабу в субботу, чем, наверно, изумил других ее обитателей. Они же и в день субботний там торчат: и Мантош, деливший что-то на CombiFlash, и Эдмунд, что химичивший под своим канадским флагом, и даже Жульен с супругой (супруга сидела за компом и в тягу не лезла, она по профессии ветеринар). И тут, время уже было за полдень, прихожу я, делаю колонку, разбираю фракции и ставлю реакцию. Заняло это два с половиной часа, а сделал столько, сколько за обычный рабочий день. Вот как плодотворно можно работать, если на интернет не отвлекаться! На самом деле пришел по следующим причинам: 1) denmes просил меня сфоткать ЯМРы, а я не люблю, чтобы кто-то мешал моей фотосъемке: ЯМР комната по выходным часто пустует; 2) сегодня вечером нам идти в Pittsburgh Opera, а в такие дни утром все равно ничего путного не сделаешь, можно и в лабу сходить; 3) я оптимизирую реакции и хочу, чтобы время было одинаковым: раз поставил в пятницу, то выделять надо в субботу.
Одолжил Владимиру пластинки из хлорида натрия и показал ему еще раз как пользоваться ИК-спектрометром. Тот стоит в Eberly Hall, в той же комнате, куда приносят образцы для масс-спектрометрического анализа. Я, раз все равно туда шел, оставил одно вещество на HRMS. В последнее время прибор заработал: я забрал готовые спектры – один мой и три для Эверетта.
Одна из самых рутинных операций в лабе – объединение фракций после колонки. Те, что чистые по ТСХ, сливаются в одну колбу, после чего растворитель упаривается на роторе. Некоторые (Жульен) предпочитают вначале собрать все в большую колбу (250-500 мл), сконцентрировать, а потом перенести в удобную маленькую колбочку. Я же, если количество фракций не превышает пятнадцати (одна фракция не более 10 мл), предпочитаю сразу начинать с колбы на 25-50 мл, отгоняя фракции по 2-3 за раз. Беготни, конечно, больше, зато я могу быть уверенным, что вещество не останется размазанным в большой колбе и, что важнее, мне не надо будет ту колбу мыть.
До постоянной массы колба с веществом доводится сушкой в вакууме масляного насоса. Так как у меня из растворителей обычно гексан-этилацетат (реже дихлорометан или диэтиловый эфир), то самое главное – полностью избавиться от этилацетата. Его остаточные сигналы в протоннике в CDCl3 (квартет 4.10, синглет 2.07 и триплет 1.25) я давно выучил наизусть. Если вещество твердое, то за час все всегда высушивается, если жидкость, масло или сопля, то растворитель может засесть глубоко – за ночь не высушишь. Есть свои хитрости, как его убрать в таких случаях. Самое простое растворить все в дихлорметане и опять отогнать. После пары таких операций этилацетат улетит, а дихлорметан, если и останется, то один левый синглет лучше, чем три сигнала.
Золотое правило – взвешивать пустые колбы до добавления фракций. Как иначе потом узнаешь, сколько белого порошка получилось, и посчитаешь выход. Можно, конечно, вещество перенести, колбу вымыть, высушить и взвесить, но проще знать вес заранее. Была у меня привычка записывать массу колб на шлифе карадашом, но карандаш имеет тенденцию стираться и иногда не хочется вносить в вещество графит. Затем я стал маркером писать массу колб на стекле тяги. Заодно было удобно вычитать в столбик эту массу из массы с полученным веществом. Постепенно место на стекле кончалось, я смывал старые надписи водой и ацетоном, но потом мне это надоело, и для записи масс я завел отдельную тетрадь.
Все равно время от времени из-за спешки и путаницы я забывал взвесить колбы заранее. Приходилось их мыть, сушить, запоминать и взвешивать постфактум. А так как колб у меня не так уж много, и я их использую многократно, то в какой-то момент пришло логичное решение взвесить все колбы и узнать их вес раз и навсегда. Так был создан файл My flask.wps. Так как веществ получаю я до 100 мг, то обычно массы достаточно для однозначной идентификации колбы: если брутто на 50 мг больше известного «пустого» веса, то эта колба и есть. Но для большей уверенности я собрал все признаки колб в таблицу: размер (25 или 50), форма (sphere or bulb), цвет надписи (красный, белый или стершийся), сама надпись (вроде 14/20 KIMAX USA 25 ml NO. 25276).
В настоящее время файл включает описание 31 колбы. И все они очень разные. Ни одной я не покупал в Stockroom’е, все достались мне от прежних хозяев или вообще были найдены безхозными. Я все равно продолжаю взвешивать колбы каждый раз. Это не только дает мне проверку флуктуации весов (обычно до 1 мг), но и собирает статистику о том, сколько и какую колбу я использовал. Вообще, по моей тетради можно восстановить и то, какие фракции какого эксперимента в какой колбе упаривались. Дальнейшее развитие такой шизофрении должно привести к тому, что я присвою колбам имена собственные и буду справлять их именины.
На этой неделе я пришел в лабу в субботу, чем, наверно, изумил других ее обитателей. Они же и в день субботний там торчат: и Мантош, деливший что-то на CombiFlash, и Эдмунд, что химичивший под своим канадским флагом, и даже Жульен с супругой (супруга сидела за компом и в тягу не лезла, она по профессии ветеринар). И тут, время уже было за полдень, прихожу я, делаю колонку, разбираю фракции и ставлю реакцию. Заняло это два с половиной часа, а сделал столько, сколько за обычный рабочий день. Вот как плодотворно можно работать, если на интернет не отвлекаться! На самом деле пришел по следующим причинам: 1) denmes просил меня сфоткать ЯМРы, а я не люблю, чтобы кто-то мешал моей фотосъемке: ЯМР комната по выходным часто пустует; 2) сегодня вечером нам идти в Pittsburgh Opera, а в такие дни утром все равно ничего путного не сделаешь, можно и в лабу сходить; 3) я оптимизирую реакции и хочу, чтобы время было одинаковым: раз поставил в пятницу, то выделять надо в субботу.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2010-11-20 11:19 pm (UTC)Черт, как же я хочу что-то вроде вашего CombiFlash. Сегодня пришел в лабу только из-за двух колонок. Ушел на час позже, так как вещество "размазалось" по десятку фракций. Видать, хреново элюент подобрал.
no subject
Date: 2010-11-21 01:26 am (UTC)Я вот иногда думаю, что вдруг перейду в новую лабу постдоком, а там нет ни CombiFlash, ни электронного лабжурнала, ни доступных ЯМР, чтобы можно было в любой день час получить в полное распоряжение, и придется мне с этим как-то жить. Но, надеюсь, что уж в совсем дыру не попаду.
no subject
Date: 2010-11-21 05:44 pm (UTC)Колбы... Я обычно писал маркером вес на самой колбе в двух местах, чтобы не смыть случайно. Вес и номер эксперимента. Затем положил возле весов лист бумаги и карандаш, и часто дублировал там цифры данного дня. На стекле не писал, не люблю разрисованных тяг :) потом привесил сбоку от тяги на магнитиках ещё листок с карандашом, но пользовался редко.
no subject
Date: 2010-11-21 10:08 pm (UTC)Сейчас у нас есть два спектрометра на 300 (на один надо регистрироваться, другой walk-on – если никого нет, то можешь снимать), два 400 (один с автосэмплером, другой по записи), 500 (по записи). Вот к ним доступ стандартный для всех, кто прошел базовую тренировку. Есть еще 600 и 700 в подвале. К ним нужно дополнительно тренироваться и правила записи там строже, но в первую очередь они нужны полным синтетикам, с моими соединениями я прекрасно обхожусь «маленькими» спектрометрами. В крайних случаях (нужен 13C с 0.1 мг вещества с 1000 Da MW) можно обратиться на биологический факультет, у которых есть все вплоть до 900 с микро-крио-пробой.
На колбах я пишу еще много какой инфы (номер страницы в журнале, формула вещества, номера фракций), которая постоянно смывается ацетоном перед мытьем. Не могу сказать, что сам часто пользовался своим файлом. Мне хватает записей в тетрадь. Просто нравится и такую статистику собирать.
no subject
Date: 2010-11-23 11:09 pm (UTC)Роторов на душу населения согласно планировке 0.5 ротор/душа. В нашей конкретной комнате, где из четырех человек один полностью погружен в писанину - примерно 0.67 ротор/душа. На самом деле, пока ротор занят, я что-нибудь другое делаю, пока не освободится. Отогнать 10 раз по 25 - меньше получаса.
no subject
Date: 2010-11-28 06:59 pm (UTC)а может лучше не DCM, а хлороформом, тогда лишних сигналов не будет (я ж так понимаю, что если ты в Hex-EA делишься, то спектры в хлороформе снимаешь).
Хотя мне лично сигналы этилацетата в спектре не мешают. Вещества у меня всегда соплистые, поэтому его сигнал для меня не просто неизбежность, но и внутренний стандарт хим здвига (всегда использую тот, что q 4.12).
Была у меня привычка записывать массу колб на шлифе карадашом, но карандаш имеет тенденцию стираться
соглашусь с предыдущим оратором, что масса колбы не самая стабильная штука.
(У меня когда были студенты местные на практике - то вообще делали варварство, наклейку с названием лепили прямо на колбу. Меня аж сводило всего, ну как так можно, потом же кусками отдирать...)
Я решаю эту проблему выработанным рефлексом: каждый раз взвешивать и записывать вес колбы и до и после.
no subject
Date: 2010-11-28 09:39 pm (UTC)Одна из целей подобного файла было проверить, насколько постоянна масса колбы. Меня больше флуктуации весов волновали. Поставишь их на ноль, придешь через пару часов, а там -0.0006. Иногда мне кажется, что масса в последнем знаке зависит от того, стою ли я рядом, когда они устанавливаются, или, например, включен маслянный насос или нет. Пока разброс записанных значений плюс-минус 1 мг. То есть четвертый знак после запятой - формальность.
Sergey Yan
Date: 2011-01-16 02:53 am (UTC)А на весы многое действует, даже конвекционные потоки возле горячей колбы (если упаривал при нагреве), из-за чего мы не раз сталкивались с явлением отрицательной массы продукта.
Re: Sergey Yan
Date: 2011-01-16 06:42 am (UTC)Re: Sergey Yan
Date: 2011-01-16 01:23 pm (UTC)А про веса колб, так это ты с маленькими колбами работаешь, мы на горячих литровых наблюдали "потери" веса до 30 мг, а это порой очень солидно от выхода продукта.
Re: Sergey Yan
Date: 2011-01-16 11:45 pm (UTC)Ясно, что в литровой колбе погрешность в весе будет больше. Но если продукта всего 300 мг, то зачем определять его вес в литровой колбе. Я, бывает, упариваю фракции в больших колбах, но я их даже не взвешиваю и не сушу под вакуумом. Потом растворяю и переношу в маленькую взвешанную колбу.