andresol

1. В комментариях к предыдущему посту возникла тема важности аспирантского проекта для общего успеха в науке. Хочу ее развить и рассказать историю.

Майк был одним из самых запомнившихся мне одноклассников в Питтсбурге. Высокий такой, с бородой, перед аспирантурой он три года проработал в индустрии, поэтому я невольно смотрел на него как на старшего, хотя в понимании органической химии мы были примерно на одном уровне.

Майк работал в группе профессора Казунори Койде, который закалял свой самурайский дух, делая PhD с K.C. Nicolaou, а постдока с Gregory Verdine – для тех, кто в теме, эти имена известны как одни из самых требовательных руководителей, если сказать мягко. Понять японский акцент Койде не мог ни я, ни студенты-андеграды, но его научные результаты перевесили его преподавательские недостатки, и теньюр в Питте он получил.

Целью для Майка было синтезировать довольно простую на первый взгляд молекулу Stresgenin B – an inhibitor of heat-induced heat shock protein gene expression – открытый в 1999 году. Да, три стереоцентра (четыре, если считать двойную связь), но такие молекулы, как мне казалось, уже лет 30 без проблем синтезировали. Ее синтез должен был занять максимум год.


( Читать дальше )

Стоило мне запланировать пост о решении задач на встречах группы, как я понял, что рассказ будет неполным без рассказа о SuperGroup Meeting'ах. А если писать обо всем одновременно, то получится "слишком много букв", на что мне уже пеняли после рассказа о встречах группы Каррана. Поэтому сегодня вы узнаете о SuperGroup, которая уже несколько раз упоминалась на страницах этого блога.

Когда я начал обучение в аспирантуре осенью 2007 года, все группы органиков Университета Питтсбурга собирались по вторничным вечерам для совместного обсуждения любимой науки. Официально действо называлось Synthetic Organic Colloquium, от аспирантов из соответствующих групп требовали на него регистрироваться (1 кредит) и даже ставили оценку "S" по итогам семестра. Но все называли эти сборища SuperGroup Meetings. Может, и в вашем университете есть такие встречи СуперГруппы, а я расскажу, как это было у нас и почему через три года SuperGroup приказала долго жить.
( Читать дальше )

На прошлой неделе в Университете Питтсбурга состоялся традиционный научный фестиваль, но только сегодня у меня дошли руки о нем написать. В прежние годы я туда не совался: не было ни свободного времени, ни особого интереса, так как выступают там преимущественно биологи и медики. А вот на этот раз меня заинтересовали три пленарных докладчика: Крейг Вентер, Джордж Вайтсайдз и Руслан Меджитов. Делать мне в лабе сейчас по сути нечего, так что в четверг и пятницу я внимал светилам науки.

Я даже заранее зарегистрировался на сайте, хотя при желании можно было регистрироваться на месте, а приходить и слушать лекции вообще никому не возбранялось. Зато получил брошюрку и картонку с моим именем на шнурке (даже на нормальный бейджик поскупились).

Проводится все это дело в Alumni Hall’е, он же бывший масонский храм, о котором я уже немного рассказывал.


( Читать дальше )

Вчера я впервые в жизни снял кремниевый спектр, то есть ²⁹Si ЯМР. Это увеличило общее число ядер, на которых я когда-либо снимал спектры до шести (¹H, ¹¹B, ¹³C, ¹⁹F, ³¹P – расставлены не только по массе, но и по тому, сколько я их каждого в жизни записал). Однажды я еще снимал ⁷Li ЯМР, но он получился не очень-то ясным и полезным, в публикацию не вошел, так что пока его считать не будем.

Сам-то я, конечно, новое ядро не настрою, но в Питтсбурге работает толковый ЯМР-директор Кришнан Дамодаран, который эту настройку делает за пять минут, если ему принесешь стандартный образец с ядром. На материальную базу сейчас тоже жаловаться не приходится. Многоядерный спектрометр носит имя “400B”. Так что я вчера снял ²⁹Si 79.4 МГц ЯМР.

Метод “29Si” на спектрометре был уже создан. Около двух лет назад тайваньская постдокша Шау-Хуа, которая работала со мной по карбен-боранам, получила задание руководства синтезировать карбен-силаны. Те ожидаемо оказались не очень-то устойчивыми и хороший ²⁹Si спектр Шау-Хуа тогда снять не смогла. Я, правда, не понял тогда, была ли проблема в соединениях или в общей нечувствительности метода. Кто его знает, какая ширина линий у этого кремния (на самом деле у ²⁹Si спин ядра 1/2, так что квадрупольное уширение отсутствует). И вообще, ямрные ампулы из стекла сделаны, а кремния в нем навалом. Как на этом фоне что-то полезное разглядишь?

Потому я перед тем, как приступить к настоящим экспериментам, решил записать пробный спектр триметилхлорсилана (Me₃SiCl). Сигнал обнаружился примерно там, где он должен быть: у меня +31.1 м.д., а в литературе +30 м.д.

Искажений базовой линии не было. То ли весь кремний из стекла настолько уширяется, что его не заметно, то ли, что более вероятно, этот сигнал сидит далеко справа при –110 м.д. А может, Дамодаран уже внес корректировку. Он, наверняка, развязку от протонов тоже по умолчанию прописал, а иначе я бы видел 10 линий (децет? – у музыкантов децимет) из-за ²J_Si–H порядка 6 Гц.

Кстати, нашел весьма полезный открытый документ по спектроскопии на ядрах кремния-29.

В последнее время у нас семинары органической направленности проходят чуть ли не каждую неделю. И я обычно их посещаю, только вот все они настолько обыкновенны и однообразны, что мне не хотелось рассказывать о них. Чуть веселее было на этой неделе, так как лекции (в среду и четверг) опять были именные: Paul Dowd Lectures, посвященные памяти профессора нашего университета Пола Дауда (1936–1996).

Я не знаю, почему он умер от рака в 60 лет (профессора органики часто живут до 90 лет, но вот случаются исключения). И с 1997 года его жена и коллеги учредили такие памятные лекции, на которые приглашаются молодые профессора, работающие в области органической и биоорганической химии. Например, в прошлом году у нас гостил Кристофер Чанг из Berkeley, а за год до этого Тимоти Джемисон из MIT.
( Читать дальше )

Некогда важнейший метод определения структуры органических соединений, инфракрасная спектроскопия (ИК, она же IR, она же ай-ар) теперь окончательно потеснена ЯМРом (при поддержке HRMS и X-ray, если необходимо). Тем не менее студентов-химиков до сих пор учат, что ИК предназначена для определения функциональных групп. Учили и меня.

Какие-то колебательные частоты я помнил еще с олимпиадных времен. Потом у всех кафедр органического куста был предмет физметоды, где ИК было посвещено несколько лекций. Курс читал Михаил Анатольевич Кузнецов, который у меня же вел оргпрактикум, потом писал мне рекомендательные письма в аспирантуру, а ныне является завкафом органической химии в СПбГУ. Несмотря на неплохую теоретическую подготовку, сами ИК спектры за время моего студенчества я так и не снимал. Если не считать, конечно, довольно странного практикума на том же четвертом курсе под названием «Молекулярная спектроскопия». Там стоял инструмент чуть ли не сороковых годов, который методично, в течение нескольких минут вырисовывал на бумаге спектр (уж не помню, что там было за соединение). Побродив по папкам с фотографиями, датированными осенью 2005-го, я смог найти не только изображение этого монстра,

но и себя на фотографии «Андрей мучает бумагу2.jpg»,


( Читать дальше )

Гроза отбушевала накануне в пятницу, и в субботу погода в Питтсбурге была теплой, но слегка облачной. После завтрака мы решили прогуляться по кампусу университета Питтсбурга, а то другими восхищаемся, а своего кампуса не знаем (фотографии в этом и последующем постах были сделаны не только сейчас, но и вытащены из всего накопившего за три с половиной года архива). Во многих зданиях я и не был никогда, а следующей весной меня здесь уже точно не будет.


Вахтеры и закрытые входы встречаются крайне редко. Но в какие-то «холлы» заглядывать бесполезно, внутри все утилитарно, разбито на классы и офисы и неинтересно. Другие здания снаружи выглядят внушительно, но внутри нас ожидают те же белые стены и серые двери. Но кое-где над интерьерами тоже потрудились творчески.


( Читать дальше )

в которой Энн выделяет неизвестный продукт, мы не можем установить его структуру, а в итоге загадка разрешается

На прошлой неделе у нас произошла поучительная история. Постдокша Энн, работающая по тому же проекту, что и я, выделила неизвестный продукт. Реакция была весьма запутанная, и я пока не хотел бы раскрывать все детали, но начиналось все с двух молекул гекс-3-ина, которые после гидроборирования висели двумя виниловыми остатками на атоме бора, и последующего окисления пероксидом водорода в щелочной среде. Реакция по ¹¹B NMR шла медленно. Ожидаемый гексан-3-он Энн так и не выделила, но зато после колонки она получила около 10 мг какого-то нового соединения, содержащего в углеродном спектре 12 сигналов. Протонник выглядел чистым, и нельзя сразу сказать, чтобы выглядел загадочным: большинство сигналов друг с другом не перекрывались. Тем не менее было решительно невозможно сказать, что это такое и как оно получилось из гекс-3-ина.

Энн, конечно, у нас постдок, то есть по званию самая старшая, но в расшифровку спектра были подключены Шенченг, Эверетт и, наконец, я, то есть вся компания, занимающаяся карбен-боранами.
( Читать дальше )

По средам в пять вечера наша группа собирается для того, чтобы обсудить общие вопросы и похвастаться друг перед другом научными достижениями. Наверно, в каждой западной научной группе (а, может быть, и в иных российских) существуют подобные регулярные собрания. Некоторые даже выкладывают слайды литературных презентаций на своих сайтах, но мы не из их числа.

Расписание встреч составляет Линн, секретарь профессора Каррана. Группа делится на четыре подгруппы (teams). В настоящий момент у нас активно работают восемь аспирантов и четыре постдока, так что в каждую подгруппу у нас входит ровно три человека. Не докладываются на встречах группы числящиеся с нами студенты (undergrads), так как у них обычно недостаточно результатов (им могут выделить время раз в полгода), только что присоединившиеся постдоки и аспиранты, а также аспиранты, уже перманентно работающие над диссертацией. Строгих правил в разбиении нет, но, к примеру, существует отдельная подгруппа, где все работают по карбен-боранам, а есть подгруппа, где все занимаются полным синтезом.

Так же Линн резервирует на весь семестр одну из факультетских комнат. За то время, как я учусь в аспирантуре, группа Каррана собиралась и в большой аудитории 12B, где мы вынуждены были приносить собственный проектор, чтобы не задирать головы на основной экран, и в комнате 130, которая сейчас переоборудована под библиотеку, а в последние годы мы неизменно заседаем в соседнем здании Eberly Hall: раньше в комнате 325, сейчас в более просторной 307-ой. Обе комнаты снабжены встроенными проекторами, так что нам остается только принести свой ноутбук с презентациями.

( Читать дальше )

Пристройка так называемого «Аннекса» к зданию питтсбургского химфака близится к завершению. Пятый этаж, откуда будет один из входов, выглядит раздолбанным.

На стене висит предупреждительное объявление:


( Читать дальше )