andresol: (Default)
[personal profile] andresol
Завершаю рассказ о том, как я делал обзор литературы на встрече группы.

4. Douglas W. Stephan (Торонто), Stefan Grimme (теоретик из Бонн) и студенты первого Стефана. Metal-Free Aromatic Hydrogenation: Aniline to Cyclohexyl-amine Derivatives. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4088–4091.


С аспирантских времен появился у меня интерес к frustrated Lewis pairs (FLPs) – кислотам и основаниям Льюиса, которые слишком рогатые, чтобы слиться в аддукте, но слишком реакционноспособные, чтобы терпеть разлуку, а потому раздирающие на части слабые связи в соседних молекулах. В последние годы статьи по FLP льются как из ведра, а зачинателем этого статьепада был канадский профессор Дуглас Стефан. Я его встречал на Гордоновской конференции в 2010 году и даже сумел заинтересовать одной моей реакцией, которая, кстати, так до сих пор не опубликована. Манускрипт я написал, но Карран отправил его в долгий ящик, а именно в Париж Эммануэлю. Ну, мне хватит и тех девяти статей, что уже опубликованы по моей аспирантской работе.

Проблема с FLP в том, что их реакции интересные, а вот применения им не видно. Гидрировать имины мы и так умеем. И вот появилось в JACS'е что-то новенькое и любопытное. Если взять алкилариламин (монозамещенный анилин) и хорошенько нагреть его с B(C6F5)3 и водородом, то вначале водород будет разорван и получится борат анилиния. Но это уже было известно. Открытие в том, что если греть несколько дней, то прогидрируется и ароматическое кольцо до циклогексиламмониевого катиона. Если в молекуле есть другие ароматические кольца, то с ними ничего не случится.

Мне, постдоку Алексею Сергееву и редакторам C&EN статья показалась любопытной. Но когда я представил ее на встрече, молчание было мне ответом. Между прочим, самая ожидаемая реакция от подуставших к вечеру молодых ученых.

5. Takayuki Doi и его японские друзья из университета Тохоку. Use of dimethyl carbonate as a solvent greatly enhances the biaryl coupling of aryl iodides and organoboron reagents without adding any transition metal catalysts. Chem. Commun. 2012, 48, 2912–2914.


Сочетание, но как раз безпалладиевое. Явление несколько скандальное. Сколько групп гордо заявляло, что открыли transition-metal free реакцию, а потом обнаруживалось, что они не учли загрязнение добавляемого бикарбоната натрия миллиардными долями палладия. Но профессор Дой рискнул опубликовать очередную загадочную реакцию. Мне хотелось узнать, каково мнение Джона по этому вопросу.

Реакция – классический Сузуки каплинг между арил иодидом и бороновой кислотой, но вот без палладия. Точно без палладия? Авторы клянутся, что мыли всю посуду царской водкой и проверяли все реагенты ICP-MS: нашлись миллионные доли железа, а вот палладия, никеля и прочих звезд катализа – меньше 3 ppb. А что же раньше никто не обнаружил, что палладий не нужен? А они не знали, что проводить сочетания надо в волшебном растворителе – диметил карбонате (CH3O)2C=O. Скажем прямо, не первый и даже не десятый растворитель, который приходит на ум химику-органику.

Японцы как могли опровергли и радикальный, и SNAr механизмы и оставили нас всех без отгадки. Джон даже не решился назвать работу брехней, а осторожно поинтересовался, все ли в группе знают захватывающую историю открытий и последующих закрытий в transition-metal free химии. После я слышал, как некоторые члены группы продолжали обсуждать статью и по окончанию встречи. Наверно, ради таких споров и проводятся литературные вечера.

6. Barry M. Trost и Mark J. Bartlett из Стэнфорда. Transition-Metal-Catalyzed Synthesis of Aspergillide B: An Alkyne Addition Strategy. Org. Lett. 2012, 14, 1322–1325.


Очень хотел вставить в презентацию хотя бы один полный синтез. Желательно отыскать такой, чтобы ключевыми стадиями были металлокатализируемые превращения. Ведь вся методология, которую мы разрабатываем, в первую очередь предназначается для таких вот синтетиков. Пусть видит группа, что реакции живут и после того, как они опубликовались в Nature.

К сожалению, хорошего синтеза я найти не смог. Шутка ли, но в JACS за пять недель я не видел ни одного! Многие синтезы сразу отбрасывались, как слишком долгие и скучные. В итоге остановился на этой работе Троста. После прочтения чуть не отказался от всей задумки, но, так и быть, оставил.

Синтез оказался не полным, а формальным. Макроциклы аспержиллиды были выделены в 2008 году, но с тех пор уже были синтезированы раз двенадцать. Никакими особыми биологическими или структурными свойствами они не обладают, но в полном синтезе сейчас столько голодных групп, что на каждый мало-мальски интересный продукт набрасывается целая свора полных синтетиков.

А Трост просто хотел прорекламировать свою методологию – связку цинк-катализируемого алкинилирования кетонов и гидросилилирования/десилилирования получающихся алкинов в транс-алкены. В синтезе аспержиллида Б они применяли эту связку дважды. Но несмотря на то, что обе реакции уже раньше были отработаны и опубликованы тростовской группой, применения первой из них к конкретному субстрату потребовало длительной оптимизации. В общем, элегантностью тут не пахнет, и статья была оставлена в презентации ради diversity.

7. Dieter Lentz и прочие. Synthesis of the Smallest Axially Chiral Molecule by Asymmetric Carbon–Fluorine Bond Activation. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 2218–2220.


(Я поместил не графический абстракт, а картинку из текста; иначе совсем не понять, о чем речь). Маловероятно, чтобы кто-то другой решил представлять эту статью на встрече нашей группы. Ну, подумаешь кто-то синтезировал «наименьшую молекулу с осевой хиральностью (за исключением изотопомеров)» – 1,2-дифтораллен. Достижение из разряда «немецкие химики синтезировали соединение с самым длинным названием». И даже тот факт, что 1,2-дифтораллен впервые получен с избытком одного из энантиомеров (ee всего 29%) нас не впечатляет. И даже то, что они получили его рентген (при 166K) нас не поражает. Что же привлекло меня в этой работе?

Есть такое явление parity violation. Я не физик, но оказалось, что слабые взаимодействия в атомном ядре несимметричны. Последствий у этого «нарушения» несколько, и одно из них то, что в нашей Вселенной два энантиомера имеют разную энергию (чтобы ни писали химические учебники). А потому можно ожидать, что того энантиомера, у которого энергия ниже, образуется больше. Не это ли ответ на фундаментальный вопрос, почему нас окружают преимущественно L-аминокислоты и D-сахара? Может быть. Но разница столь ничтожна, что никто пока даже не подтвердил экспериментально, что она существует.

Так вот 1,2-дифтораллен – одно из модельных соединений. У тяжелых атомов разница в энергиях будет больше, но их соединения сложнее обсчитывать и измерять. В 2005 году вышла статья, которая предсказала энергетическую разницу между энантиомерами 1,2-дифтораллена в 1.2 пДж/моль (да, пикоджоуля). Слишком тонко для современных измерительных приборов, но вот синтетики уже работают. Так, на всякий случай.
Среди хартвиговцев бурного обсуждения статья не вызвала, но по отдельным репликам и улыбкам я понял, что с этой любопытной теорией были знакомы далеко не все. Вот она просветительская роль литературных докладов.

8. Новозеландско-японская команда. Brevisulcenal-F: A Polycyclic Ether Toxin Associated with Massive Fish-kills in New Zealand. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4963–4968.


Последняя статья в моей презентации описывала выделение нового природного соединения. Вот уж неожиданный гость. Такие работы обычно стандартны: мы проэкстрагировали морского гада, обитающего исключительно на атолле в Кирибатях, хлороформом, прогнали через HPLC, выделили самую ядовитую фракцию и сняли с нее десяток двумерных ЯМР: встречайте – кирибатятоксин. И здесь авторы не отступили от традиционной схемы, но вот структура продукта столь замечательна, что я уже видел упоминание этой статьи во френдленте.

В 1998 году возле берегов Новой Зеландии зацвели водоросли. Воды окрасились в кровавый цвет, вся рыба померла, а у людей случались вспышки респираторных заболеваний. Явление известное – водоросли выделяют токсин. Их тогда собрали, размножили и из 1450 литров культуры выделили 3.1 мг полиэфирного соединения. Такие структуры не новы, достаточно вспомнить бреветоксины. Но новый бревисульценаль Ф содержит фрагмент из 17-ти сочлененных колец. Товарищи, это рекорд! Прежний был всего-то 15 сочлененных колец в gymnocin’е Б.

Несмотря на грандиозный труд по распутыванию перекрывающихся сигналов в спектрах ЯМР, полностью всю стереохимию соединения установить не удалось. Даже не знаю, решится ли кто синтезировать этого гиганта при таких начальных условиях. Но точно не Хартвиг – мы только издалека полюбуемся на структуру бревисульценаля и вернемся к своим борилированиям и трифторметилированиям.

Список «дополнительного чтения» уже никто не стал смотреть. Все, отстрелялся и теперь, скорее всего, до осени на встречах группы выступать не буду.

Вопрос заинтересованным читателям, дочитавшим до этой строчки: а не проще ли было бы читать этот рассказ, если бы каждой статье был посвящен отдельный пост? Какие вообще будут пожелания к подобным рассказам? Хотите больше химии? Больше шуток про Джона и его команду? Или лучше фотки с кампуса выкладывать?

Date: 2012-04-02 10:05 am (UTC)
From: [identity profile] whiskymaker.blogspot.com (from livejournal.com)
Я думаю, синтетическое сообщество проверит №5 в самое ближайшее время. Однако, мне хочется подобно старине Ватсону сдавленным голосом произнести: "Но черт побери, Холмс. Но как??"

Date: 2012-04-02 05:57 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Да, хотелось бы увидеть для начала воспроизведение этих результатов другой научной группой с абсолютно другим источником диметил карбоната. Читая статьи, содержащие оптимизацию реакционных условий, я часто не могу не удивляться важности растворителя. Выход может быть <5% в пяти разных растворителях, но 86% в шестом. При этом не приводится никакого логического (механистического) объяснения.

Date: 2012-04-03 08:31 am (UTC)
From: [identity profile] whiskymaker.blogspot.com (from livejournal.com)
Не исключено, что авторам светит еще одна публикация в Chem Commun, опровергающая предыдущие результаты)

Date: 2012-04-02 10:44 am (UTC)
From: [identity profile] denmes.livejournal.com
Хорошо написал, от души :)
Надо идею толкнуть в журналы, писать абстракты в таком непринуждённом стиле, лучше доходит :)

Date: 2012-04-02 06:01 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Спасибо.

Как раз в моих собственных статьях, абстракты получаются скучными и сухими. Наверно, потому что пока на меня смотрит сверху начальство, я не хочу выделяться.

А с журналами у меня была идея, чтобы привязывать статью с официального сайта ко всем ее освещениям в научно-популярных журналах (C&EN) и блогах. Желательно сделать такую привязку-поиск автоматическим. А то мы можем найти с помощью Web of Science, какие статьи процитировали данную публикацию, но как найти, что написали (и написали ли вообще) про нее в блогах?

Date: 2012-04-02 11:45 am (UTC)
From: [identity profile] sash-2003.livejournal.com
Замечательно! Именно такой формат мне кажется оптимальным: достаточно пного текста, чтоб поять, о чем речь, но и нет full paper style рассусоливания. Правда, научрук у тебя каким-то мудаком выходит: то прерывает, то еще чего.
Кстати, какого черта "Баквальд"? Он же вроде "Бюхвальд" в русском транслите?

P.s. Фотки кампуса в топку.

Date: 2012-04-02 05:28 pm (UTC)
From: [identity profile] d-s-p.livejournal.com
Как говорит Геворгян: Баквальд commonly known in Russia as Бухвальд :)
В оригинале он разумеется именно Бухвальд, поскольку немецкого происхождения. Но в Америке он "commonly known" наоборот :)

Date: 2012-04-02 06:09 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Спасибо.

Меня больше интересовал вопрос: объединять несколько статей в один пост или описывать каждую по отдельности. Но я вижу, что уже несколько человек прочитало этот длинный пост до конца, что не может не радовать. Сам надеюсь, что мне будет, о чем химическом писать. Но тут повод хороший был, и неизвестно, когда я в следующий раз 40 статей за неделю прочитаю, чтобы выбрать лучшие.

С Buchwald история та же, что с Vicic. Честно скажу, что не знаю, как он сам себя называет, но я его зову Баквальдом, и американцы меня не поправляют (а я общался в том числе и с его бывшими постдоками). Вот мне тоже иногда хочется назвать Bertozzi - Бертоцци, а она Бертоззи, так как американка, а не итальянка.

У Хартвига странные представления о вежливости. Но у него есть многих замечательных качеств, из-за которых я готов простить ему то, что он не здоровается и перебивает докладчиков.

Фотками кампуса обещаю не злоупотреблять, но иногда времени нет писать тексты, а хочется показать, что журнал живой. Фотки размещать проще всего.

Date: 2012-04-02 03:11 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
Отличный пост - классный формат. Хотим больше химии, да.)

Я сейчас в соседней лабе с Дагом Стефаном обитаю, и в своё время почти попал к нему на пост-док. Кстати эту статейко они сначала в Саенс посылали, но не выгорело :)

Date: 2012-04-02 06:14 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Спасибо!

Насчет химии буду стараться, но на самом деле не так много статей я читаю, чтобы было, о чем писать. Тут повезло, что мог почти неделю заниматься одной литературой.

Как я уже писал, затруднительно сказать, тянет статья на Science или нет. Если бы Стефан нашел универсальный способ гидрировать любую ароматику с помощью FLP, то это было бы достижение. С другой стороны, в Science/Nature проникает не мало и более рядовой химии. В любом случае Стефан на FLP хорошо поднялся, и ему грех жаловаться на то, что его не публикуют.

Date: 2012-04-02 05:26 pm (UTC)
From: [identity profile] d-s-p.livejournal.com
Отличный пост!
>а не проще ли было бы читать этот рассказ, если бы каждой статье был посвящен отдельный пост?
Так как сейчас вполне нормально.
>Хотите больше химии?
Химия - это хорошо!
> Больше шуток про Джона и его команду?
Естественно!
> Или лучше фотки с кампуса выкладывать?
Нафиг

Date: 2012-04-02 06:23 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Спасибо!

Я часто боюсь, что мои посты выходят такими длинными, что никто не дочитывает их до конца. Но вижу, что уже 5 человек дочитало. Это радует.

Будут поводы в виде интересных статей или семинаров - будет больше химии. Но фотки тоже, скорее всего, будут, когда у меня не будет времени на написание текста. Бытовая логика подсказывает, что большн народу посмотрит фотографии, чем прочитает серьезные химические тексты. Жизнь показывает, что все наоборот.

Date: 2012-04-02 07:23 pm (UTC)
From: [identity profile] tyy4ka.livejournal.com
Такие обзоры читать интересно. Думаю, что отдельный пост на одну статью не даст так сильно погрузиться в тему. Все-таки во фленте не только про синтез пишут, а на таких обзорах требуется сильнее сосредотачиваться, чем на всем остальном.

Date: 2012-04-02 07:32 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Спасибо.

Не могу обещать, что буду писать такие обзоры часто, так как я редко читаю столько много разных статей за короткое время. Что-то похожее было у меня в отчетах о докладах на NOS.

Я, наоборот, больше люблю взять одну статью и создать вокруг нее обстоятельную историю. Часто для этого приходится прочитать еще 5-6 предыдущих статей по той же теме. Таким образом я выстраивал свои литературные доклады в группе Каррана.

Date: 2012-04-02 07:59 pm (UTC)
From: [identity profile] greemted.livejournal.com
Пост хороший и начинание хорошее. Я вот вообще статьи и обзоры читать перестал, погряз в сугубо практических задачах "сварить скэффолд заданного строения". И лучше резать "одна статья -- один пост".


ЗЫ последняя кракозябра похожа на близкий родственник палитоксина :)

Date: 2012-04-02 08:40 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Не могу назвать этот пост начинанием, так как, во-первых, только по тегу chemistry в моем блоге найдется 40 постов, а, во-вторых, писать такие обзоры регулярно я не смогу, так как статьи тоже читаю в основном по принуждению. Скорее всего, будет как раз один пост - одна статья, если такая интересная статья мне попадется.

Все эти полициклические полиэфирные токсины структурно похожи. Общепринятая биосинтетическая гипотеза состоит в том, что они получаются каскадной циклизацией полиэпоксидного предшественника. Синтетические исследования в этом направлении идут, но пока не столь успешно, чтобы 17 колец в одну операцию собрать.

Date: 2012-04-03 08:53 pm (UTC)
From: [identity profile] drbernat.livejournal.com
клевый формат, мне нравится. Если по эбстракту на пост - то получится какой-то твиттер: только настроишься на химический лад, а пост уже закончился :) а растекаться мыслью по древу - получится скучно по-моему.

Date: 2012-04-03 09:05 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Может быть, сделаю такой обзор литературы в ЖЖ регулярным. Надо подумать. Далеко не каждую неделю я читаю 5 новых интересных статей. С другой стороны, у меня есть отдельный Word файл, куда я уже три года записываю разные мысли о прочитанных статьях. Можно самые интересные из них представлять в таком формате: графический абстракт + 2-3 абзаца.

Date: 2012-04-04 06:27 am (UTC)
From: [identity profile] drbernat.livejournal.com
поддерживаю, отличная идея
(deleted comment)

Date: 2012-04-07 07:04 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Спасибо за комментарий. Твои собственные посты по хинину показывают, что один синтез можно растянуть на десяток постов, было бы желание. Когда я отбирал статьи для literature survey, то руководствовался не только собственными интересами, но интересами моих слушателей. В целом, я бы назвал интересной ту статью, которая вызовет наибольшее обсуждение, а еще лучше - желание поставить новые эксперименты. В таком случае из 8 представленных статей наиболее интересной оказалась та, что про metal-free coupling.
(deleted comment)

Date: 2012-04-07 08:48 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Я и попытался расширить интересы своих слушателей. Но через две недели у нас случилась очередная literature survey presentation: девять статей и все по organometallic methodology. Не могу сказать, что все из них скучны, но мне неприятно стремление моих нынешних одногруппников запереться в очень узкой научной области. С таким кругозором можно публиковаться в JACS'е, но нельзя сделать по-настоящему революционного открытия.
(deleted comment)

Date: 2012-04-07 08:59 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Да, Джону как-то почти на все пофиг (на научных докладах он, как и я, систематически засыпает). Он мог бы, конечно, поощрять разнообразие тем, но считает, что все люди взрослые и сами разберутся, что им интересно готовить. А я вижу, что большинство готовит статьи, которые им самим не интересны, лишь бы отметить галочкой, что доклад сделан. А выбирать статьи по органометаллике - самое простое. Все так делают - и я так же сделаю.

Потому мне так и хочется поскорее выбраться из подчиненных в руководство, чтобы направлять людей в нужную сторону.
(deleted comment)

Date: 2012-04-07 09:15 pm (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
В нужную, конечно же, мне. Пока я простой постдок, мои методы воздействия на окружающих ограничены, и сам я должен действовать с оглядкой на начальство (например, не могу писать о своем проекте в ЖЖ). Не могу сказать, что мне эта ситуация нравится, но я согласен ее терпеть еще пару лет до достижения полной свободы.

Date: 2012-05-23 07:23 pm (UTC)
From: [identity profile] Дмитрий Осипов (from livejournal.com)
Еще радует разумная ирония. Читать хочется)

Date: 2012-05-24 02:53 am (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Спасибо! Вот по этой причине я не могу писать такие обзоры часто. Нужны не просто прочитанные статьи, а статьи, вызвавшие какие-то эмоции или воспоминания.
(deleted comment)

Date: 2012-11-06 01:29 am (UTC)
From: [identity profile] andresol.livejournal.com
Правильное решения. Мой проект в аспирантуре полностью отличался от того, что я делал для диплома.
Статьи по методологии и синтезу тоже очень похожи, но так как я смотрю на них изнутри, то вижу нюансы. А статьи по выделению природных соединений для меня все на одно лицо, так как я никогда не разбираю спектров и верю автором на слово. Самой замечательной частью оказывается введение: что и из кого (или чего) выделили.

January 2026

S M T W T F S
    1 23
456 78910
11121314151617
18192021222324
25262728293031

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jan. 12th, 2026 04:45 pm
Powered by Dreamwidth Studios