Поиск химической информации
Aug. 6th, 2012 06:06 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
andresolКакому химику-органику не приходилось проверять, не делал ли кто эту реакцию раньше, а если делал, то в каких условиях, а какой спектр продукта. Иногда поможет Google или хорошее знание литературы по теме, но чаще мы обращаемся к базам данных вроде SciFinder или Reaxys (ранее Beilstein Crossfire). Вот по этим двум основным конкурентам два опроса:[Poll #1858618][Poll #1858619]
Особые отношения к этим системам или похвалу другим базам данных прошу писать в комментах. Расскажу о своем отношении к этим продуктам и я.
Штуки эти буржуйские и сильно платные, а потому в СПбГУ я с ними не сталкивался. Люди там в основном работали над своими узкими проектиками и поиск по широкой базе данных им был не нужен: все равно искомая статья чаще всего окажется недоступна. В крайних случаях просили заграничных знакомых что-то поискать и прислать.
Однако уже на первом курсе руководитель моей курсовой познакомил нас с такой вещью как реферативный журнал. Его тома занимали отдельную комнату в библиотеке, и, кроме нас, их никто не тревожил. Приноровившись, можно было, например, отыскать, что в 1967 году комплексы цинка с фенантролином были описаны в двух статьях, чьи рефераты=абстракты надо искать в других томах по кодам ЖГ4.567 и КП5.307. В общем, навык для культурно-исторического развития, но не для реальной работы.
Потом где-то на четвертом курсе по факультету расклеили объявления о возможной подработке для студентов/аспирантов. Требовалось читать статьи и переносить их результаты в электронную базу Бейлштейна. Кто-то даже на это клюнул, но меня эта работа не заинтересовала.
Наконец, летом 2006 года я приехал в Боулинг Грин Стейт Университет в штате Огайо, и тут мне показали SciFinder. Сказали, что он жутко дорогой (всего 2 или 3 лицензии на университет), но жутко полезный. В его пользе я скоро убедился, когда стал искать вначале идею для работы, а потом проверять полученные соединения на уникальность и полезность. И на какое-то время я стал фанатом SciFinder’а и не мог представить, как кто-то может продуктивно работать без подобного помощника.
Разлука с США пролетела быстро, и уже в августе 2007-го меня вводили в курс дел в группе Каррана. Пользовались они тоже в основном SciFinder’ом, но аспирант Бин на всякий случай дал мне установить и CrossFire, программу для доступа к бейлштейновской базе. Он же рассказал мне о том, что в CrossFire намного удобнее искать спектральные данные для конкретного вещества. Не надо скачивать и просматривать все статьи, тут есть отдельная опция посмотреть, какие данные и где были для этого вещества записаны. А вот в SciFinder’е такой штуки я не знал.
Потом я поменял компьютер, и на новый CrossFire не установился. Точнее он перестал связываться с сервером, и я, не особо расстраиваясь, продолжил пользоваться SciFinder’ом.
Через пару лет библиотекарша прислала питтсбургским химикам письмо о том, что отныне мы получили доступ к Reaxys, новой оболочке для бейлштейновской базы данных. Первое удобство заключалось в том, что не надо было ничего устанавливать на компьютер, а просто зайти на reaxys.com. Второе и главное – я мог искать в Reaxys с домашнего компьютера подключившись к университетскому серверу через SSL VPN. SciFinder такую возможность резал, надо было обязательно присутствовать на факультете. Третье удобство в том, что Reaxys никогда не отказывал мне в поиске из-за того, что одновременно ищет слишком много человек (вечная проблема нехватки лицензий в SciFinder’е). Четвертое удобство – в интерфейсе, скорости работы и поиска, настройках и опциях. При этом полнота и скорость обновления баз данных сопоставима.
В общем, очень быстро я забросил SciFinder и полностью перешел на Reaxys. К тому же скоро университет перешел от скачиваемой версии SciFinder’а к онлайн версии, когда надо каждый раз логиниться.
Но окончательно на верность Reaxys я присягнул, когда профессор Карран номинировал меня и я стал финалистом Reaxys PhD Prize. И хотя им владеет жадный Elsevier (SciFinder’ом владеет не менее жадный ACS), они предоставили мне такую крутую вещь как личный пароль и логин. То есть теперь я могу не зависеть от университетской подписки в плане поиска химической информации (статьи, к сожалению, остаются платными). Поэтому весь этот пост по сути является небескорыстной рекламой Reaxys’а, которым я пользуюсь постоянно и который постоянно улучшается. Как там поживает SciFinder, я не знаю. В Беркли я его не устанавливал.
Особые отношения к этим системам или похвалу другим базам данных прошу писать в комментах. Расскажу о своем отношении к этим продуктам и я.
Штуки эти буржуйские и сильно платные, а потому в СПбГУ я с ними не сталкивался. Люди там в основном работали над своими узкими проектиками и поиск по широкой базе данных им был не нужен: все равно искомая статья чаще всего окажется недоступна. В крайних случаях просили заграничных знакомых что-то поискать и прислать.
Однако уже на первом курсе руководитель моей курсовой познакомил нас с такой вещью как реферативный журнал. Его тома занимали отдельную комнату в библиотеке, и, кроме нас, их никто не тревожил. Приноровившись, можно было, например, отыскать, что в 1967 году комплексы цинка с фенантролином были описаны в двух статьях, чьи рефераты=абстракты надо искать в других томах по кодам ЖГ4.567 и КП5.307. В общем, навык для культурно-исторического развития, но не для реальной работы.
Потом где-то на четвертом курсе по факультету расклеили объявления о возможной подработке для студентов/аспирантов. Требовалось читать статьи и переносить их результаты в электронную базу Бейлштейна. Кто-то даже на это клюнул, но меня эта работа не заинтересовала.
Наконец, летом 2006 года я приехал в Боулинг Грин Стейт Университет в штате Огайо, и тут мне показали SciFinder. Сказали, что он жутко дорогой (всего 2 или 3 лицензии на университет), но жутко полезный. В его пользе я скоро убедился, когда стал искать вначале идею для работы, а потом проверять полученные соединения на уникальность и полезность. И на какое-то время я стал фанатом SciFinder’а и не мог представить, как кто-то может продуктивно работать без подобного помощника.
Разлука с США пролетела быстро, и уже в августе 2007-го меня вводили в курс дел в группе Каррана. Пользовались они тоже в основном SciFinder’ом, но аспирант Бин на всякий случай дал мне установить и CrossFire, программу для доступа к бейлштейновской базе. Он же рассказал мне о том, что в CrossFire намного удобнее искать спектральные данные для конкретного вещества. Не надо скачивать и просматривать все статьи, тут есть отдельная опция посмотреть, какие данные и где были для этого вещества записаны. А вот в SciFinder’е такой штуки я не знал.
Потом я поменял компьютер, и на новый CrossFire не установился. Точнее он перестал связываться с сервером, и я, не особо расстраиваясь, продолжил пользоваться SciFinder’ом.
Через пару лет библиотекарша прислала питтсбургским химикам письмо о том, что отныне мы получили доступ к Reaxys, новой оболочке для бейлштейновской базы данных. Первое удобство заключалось в том, что не надо было ничего устанавливать на компьютер, а просто зайти на reaxys.com. Второе и главное – я мог искать в Reaxys с домашнего компьютера подключившись к университетскому серверу через SSL VPN. SciFinder такую возможность резал, надо было обязательно присутствовать на факультете. Третье удобство в том, что Reaxys никогда не отказывал мне в поиске из-за того, что одновременно ищет слишком много человек (вечная проблема нехватки лицензий в SciFinder’е). Четвертое удобство – в интерфейсе, скорости работы и поиска, настройках и опциях. При этом полнота и скорость обновления баз данных сопоставима.
В общем, очень быстро я забросил SciFinder и полностью перешел на Reaxys. К тому же скоро университет перешел от скачиваемой версии SciFinder’а к онлайн версии, когда надо каждый раз логиниться.
Но окончательно на верность Reaxys я присягнул, когда профессор Карран номинировал меня и я стал финалистом Reaxys PhD Prize. И хотя им владеет жадный Elsevier (SciFinder’ом владеет не менее жадный ACS), они предоставили мне такую крутую вещь как личный пароль и логин. То есть теперь я могу не зависеть от университетской подписки в плане поиска химической информации (статьи, к сожалению, остаются платными). Поэтому весь этот пост по сути является небескорыстной рекламой Reaxys’а, которым я пользуюсь постоянно и который постоянно улучшается. Как там поживает SciFinder, я не знаю. В Беркли я его не устанавливал.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2012-08-07 02:54 am (UTC)Сайфай не люблю, ну вот не удобный он и все, но иногда приходится использовать, куда ж деться. Просто я не так много химии делаю, и как правило, вся моя химия и уже давно сделана, и легко находится гуглом. Хотя сайфай у меня раньше стоял на компе, а потом он стал веб-доступный.
Кстати надо посмотреть еще раз - в UCSD не было удаленной версии для мака, может тут у нас есть. Насколько я помню, на ориентации мне на этот вопрос ответили отрицательно.
no subject
Date: 2012-08-07 03:02 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 03:30 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 07:26 am (UTC)Я вообще больна на тему поиска информации - тут все средства хороши. Без доступа дома ко всему что ни попадя я чахну и страдаю :-( Шелли, моя PI, в SDSU меня время от времени закидывала емейлами на тему "есть ли у тебя доступ к этой статье" - судя по всему, из всех joint doctoral students (UCSD-SDSU), я была единственной, кому пришло в голову освоить удаленный доступ. Причем там даже впн не нужен был, там через прокси все работало - чего уж проще, казалось бы :-)
no subject
Date: 2012-08-07 07:50 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 06:55 am (UTC)Не знаю, насколько в российских вузах доступны SciFinder и Reaxys. Это дорогие штуки, но могут быть скидки для обучающих заведений из "бедных" стран.
no subject
Date: 2012-08-07 05:51 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 06:57 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 08:46 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 08:49 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 08:55 am (UTC)В улучшенной версии Reaxys Xcelerate есть второй редактор Elemental from dotmatics. Я с ним большого опыта не имею, но он хотя бы запускается без Java на всех компах.
no subject
Date: 2012-08-07 01:09 pm (UTC)Хотя для любых других применений, не связанных с заданием поисковых критериев, кемдро, конечно, вне конкуренции.
no subject
Date: 2012-08-07 06:59 am (UTC)Мне SciFinder тоже не нравился своей тормознутостью, кривизной, необходимостью делать 10 кликов там, где по идее должен быть один. Да и просто дизайн какой-то устаревший и уныло-серый.
no subject
Date: 2012-08-07 07:17 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 09:34 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 10:01 pm (UTC)Кстати, в Reaxys можно без проблем рисовать металлоцены и любые комплексы: рисуешь одну связь "any" и "substructure".
no subject
Date: 2012-08-07 10:03 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 10:11 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 10:03 am (UTC)Что касается опроса, изумляет кол-во народа, которые не знают, что это такое (может, не химики?).
no subject
Date: 2012-08-07 05:53 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 07:19 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 12:56 pm (UTC)Из преимуществ сайфайндера для меня основным является более толковый поиск по коммерчески доступным в-вам (и по поставщикам, соответственно). Из недостатков особо люто напрягает отсутствие "любая ароматика" и "любая гетероароматика" в дженерик группах. В реаксисе не нравится, что по CAS номеру можно только одно вещество искать. Хотя и от ограничения в 25 веществ в сайфайндере тоже не в восторге.
no subject
Date: 2012-08-07 05:50 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 07:32 pm (UTC)Просто я тут перебирал старые реактивы от бывших аспирантов - нашел кучу мелких баночек на 100-250 мг (штук 60-70). Поскольку там в основном всякие гетероциклы с называниями в три строчки, то удобнее всего было вбить все cas'ы с этикеток в сайфайндер и потом распечатать лист со структурными формулами.
no subject
Date: 2012-08-07 09:37 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 01:58 pm (UTC)ад какой, я думал это нормальное место
no subject
Date: 2012-08-07 05:47 pm (UTC)А нормальное место или нет, можно решить, посмотрев что и где сотрудники СПбГУ публикуют. Пока хорошие статьи редки и часто идут в соавторстве с заграничными коллегами.
no subject
Date: 2012-08-07 07:18 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-07 07:26 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-08 04:46 am (UTC)На химфаке МГУ нет (теперь нет? раньше возможно и был) Scifinder, поэтому я пользуюсь только реаксисом (и жизни без него не представляю, если честно).
Один раз только мне понадобилось сделать поиск по патентам - и для этого отчего-то реаксис не подошел. Это его слабое звено? Искала в итоге через десять рук доступ к Scifinder.
no subject
Date: 2012-08-08 04:56 am (UTC)Я, кстати, рад, что так много людей используют Reaxys. Мне как-то казалось, что в моем лабораторном окружении в основном фанаты SciFinder'а, и мне многим даже приходилось рассказывать о том, что существует альтернатива.
no subject
Date: 2012-08-08 08:35 am (UTC)Но на самом деле все было не так плохо - просили кое-кого сделать поиск в реаксисе. В худшем случае результаты получали на следующий день.
no subject
Date: 2012-08-08 08:42 am (UTC)А 50 рублей, я так понимаю, за одну сессию? Или за час? Или за одно соединение?
no subject
Date: 2012-08-08 03:31 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-08 03:32 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-08 05:03 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-08 09:19 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-10 10:07 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-10 10:14 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-19 05:43 pm (UTC)no subject
Date: 2012-08-26 10:15 am (UTC)no subject
Date: 2012-08-26 08:18 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-28 04:39 am (UTC)реаксис через vpn
Date: 2019-10-25 04:20 pm (UTC)Re: реаксис через vpn
Date: 2019-10-25 04:27 pm (UTC)Я больше химией не занимаюсь, в университете не работаю, поэтому не представляю, как сейчас SciFinder и Reaxys работают.